هكرها معمولا از نواقص و عدم رعايت نكات امنيتي توسط طراحان سايتها و برنامه نويسان جهت نفوذ به سايتها استفاده ميكنند مواردي كه با كمي دقت قابل پيش بيني و رفع هستند. در ادامه به برخي از مهمترين نواقص و موارد رايج در هك سايتها در سالهاي اخير اشاره شده است.